Новости

РНПЦ эпидемиологии и микробиологии использует облачные сервисы, в том числе для изучения коронавируса COVID-19

Облачный провайдер ActiveCloud предоставил РНПЦ эпидемиологии и микробиологии вычислительные ресурсы для проведения медицинских расчетов.

ГУ «Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии» выполняет широкий спектр научно-исследовательских работ фундаментального и прикладного характера в области эпидемиологии, медицинской вирусологии, микробиологии, иммунологии и паразитологии, разрабатывает и производит лечебные, диагностические и профилактические препараты, проводит консультации по методам исследований и диагностике инфекций, их профилактике.

Изучение геномных последовательностей патологических агентов – это сложная вычислительная задача. Даже после прочтения геном представляет собой строку, состоящей из четырех букв (A, C, G, T), причем его длина может достигать нескольких миллиардов символов. При этом в ДНК нет абсолютно четких «знаков препинания», которые бы указывали на начало и конец генов-предложений и других функционально значимых элементов. Немудрено, что обработка таких файлов занимает продолжительное время.

В связи с пандемией COVID-19 резко возросло количество проводимых лабораторных исследований, в то же время разработка тест-систем для диагностики заболевания основана на определении наиболее специфичных участков генома вируса. Нагрузка на локальные вычислительные мощности РНПЦ ощутимо выросла. В связи с этим было решено использовать облачные сервисы для проведения наиболее ресурсоемких научных исследований, в частности генотипирования патогенов и статистической обработки информационных массивов.

Инженеры ActiveCloud предложили использовать для решения данной задачи ресурсы облачного дата-центра E-Cloud. Специалисты провайдера помогли в настройке облачной инфраструктуры и программного обеспечения. Использование облачных ресурсов позволило ускорить обработку больших массивов статистической информации и высвободить локальные вычислительные ресурсы научно-исследовательского центра.

Главный научный сотрудник РНПЦ эпидемиологии и микробиологии, доктор медицинских наук, профессор Александр Владыко определил задачу следующим образом: «Представляет особый интерес использование облачного сервера для начала работы по сравнительному анализу аминокислотных последовательностей нуклеокапсидного фосфопротеина SARS-CoV2 с протеиновой базой данных, включая возбудителей инфекционных (вирусную, бактериальную, и т.д.) и паразитарных заболеваний, а также соматических белков человека, животных и растений с вычленением 70-100% гомологии. Это позволит обосновать и определить направление исследований по созданию оптимальных диагностических (индивидуальная иммуноантигенограмма) и вакцинных (персонализированная иммунокоррекция) препаратов»

Ведущий администратор сетей РНПЦ эпидемиологии и микробиологии Александр Ничипорук оценил полученные результаты: «Использование облачных технологий для работы геномных ассемблеров и статистической обработки данных позволило сэкономить время и разгрузить наши локальные вычислительные ресурсы. Также, на мой взгляд, использование облачных технологий целесообразно для решения задач, которые совместно выполняют несколько исполнителей, а первую очередь для хранения общих баз данных. Облачный сервер не только предоставляет вычислительные мощности, но и обеспечивает безопасность информации».

Директор облачного провайдера ActiveCloud Павел Гончар отметил: «Мы не в первый раз оказываем помощь белорусским медицинским и исследовательским учреждениям. Считаем своей миссией помогать белорусской медицине всеми доступными средствами, особенно в неблагоприятный эпидемиологический период»

Применение облачных технологий изменяет медицинскую и научную сферу. Огромный объем накопленных данных о пациентах, результатах исследований, научных разработках требует соответствующих ресурсов для их хранения и оперативной обработки. Безопасный облачный сервер, размещенный в Беларуси, полностью соответствует этим требованиям.

Новости

03.08.20
Актуальные данные по ситуации с COVID-19 в Европейском регионе ВОЗ
28.07.20
Всемирный день борьбы с гепатитом-2020: на пути в будущее без гепатита
17.07.20
В Беларуси на 17 июля выздоровели и выписаны 57 тыс. 370 пациентов, у которых ранее был подтвержден диагноз COVID-19
14.07.20
В Беларуси на 13 июля выздоровели и выписаны 55 тыс. 492 пациента, у которых ранее был подтвержден диагноз COVID-19
06.07.20
В Беларуси на 6 июля выздоровели и выписаны 51 тыс. 120 пациентов, у которых ранее был подтвержден диагноз COVID-19
18.06.20
Новая разработка белорусских ученых: наборы реагентов для выявления антител к коронавирусу SARS-CoV-2
02.07.20
В Беларуси на 2 июля выздоровели и выписаны 48 тыс. 738 пациентов, у которых ранее был подтвержден диагноз COVID-19
29.06.20
В Беларуси на 29 июня выздоровели и выписаны 45 тыс. 213 пациентов, у которых ранее был подтвержден диагноз COVID-19
10.06.20
О проведении исследования по выявлению коронавируса SARS-CoV-2
11.06.20
В Беларуси на 11 июня выздоровели и выписаны 26 тыс. 643 пациентов, у которых ранее был подтвержден диагноз COVID-19